柏亞軍擁有北京大學理學學士（2001年）和理學碩士（2004年）學位。柏亞軍于2004年加入北京德琦專利代理有限公司，擔任專利代理人，然后于2007年加入西門子知識產權部門，擔任西門子（中國）有限公司知識產權部首席知識產權顧問。在2015年西門子醫療從西門子獨立后，擔任西門子醫療中國知識產權部總監，負責公司中國知識產權團隊的管理和在中國的知識產權事務。柏亞軍還擔任中國醫學裝備協會個人理事、中國歐盟商會知識產權工作組副主席、上海市浦東新區知識產權協會理事等社會職務。